W podziemnej twierdzy Lorda Darkara młoda czarodziejka Layla próbuje uratować z niewoli swoje przyjaciółki wróżki Pixie. Niestety odnosi porażkę i spada w przepaść, by chwilę później wraz z rzeką wypłynąć na powierzchnię. Zostaje pokierowana do szkoły dla czarodziejek Alfea, gdzie szuka pomocy. Poznaje dziewczyny z Klubu Winx i zaprzyjaźnia się z nimi. Layla wraz z nowymi znajomymi wyrusza na pomoc małym wróżkom. W tym czasie Lord Darkar uwalnia z więzienia Trix i robi z nich swoje podwładne. Pomimo wielu trudności i nieporozumień udaje się uratować Pixie, które postanawiają pozostać przez pewien czas w Magix. Dzięki temu każda z Winx poznaje swoją bliźniaczą wróżkę Pixie.

Lord Darkar chce wykraść cztery części magicznego Kodeksu, które zostały ukryte w szkołach magii oraz w Wiosce Wróżek. Czarodziejki muszą zdobyć Charmix - drugi poziom mocy. Zdobędą ją wykazując się nie lada odwagą. Aby dostać Charmix, czarodziejka musi przezwyciężyć własne obawy i lęki.

W szkole pojawia się nowy nauczyciel - prof. Avalon, który okazuje się być szpiegiem Lorda Darkara. Przysparza czarodziejkom wielu problemów, a Trix w tym czasie zdobywają wszystkie cztery części Kodeksu. Okazuje się, że Lord Darkar nie potrafi ich połączyć, gdyż do tego potrzebna jest ogromna siła. Jedyną znaną tak potężną magią jest Płomień Smoka. Decyduje się porwać Bloom, która pod wpływej jego magii staje się zła i atakuje swoje koleżanki. Dzięki szczeremu uczuciu Skaya, udaje się obudzić Bloom z mrocznego snu. Lord Darkar przegrywa, a Kodeks zostaje zniszczony. Trix trafiają do magicznego wymiaru Omega - więzienia. Natomiast Layla pozostaje w szkole dla czarodziejek i dołącza do Klubu Winx, jako szósta czarodziejka.