Serial opowiada o historii Bloom oraz jej przyjaciółek z tytułowego Klubu Winx. Akcja zaczyna się na Ziemi w mieście Gardenia. Bloom mieszka wraz z rodziną, nieświadoma tego, że jest czarodziejką. Pewnego dnia spotyka czarodziejkę z magicznego świata Solarii, Stellę. Bloom ratując nieznajomą przed potworami odkrywa, że posiada magiczną moc. Dowiaduje się o istnieniu magicznego wymiaru Magix oraz szkoły dla czarodziejek Alfea. Dziewczyna postanawia udać się tam razem z nową koleżanką, aby nauczyć się panować nad nową siłą. Na miejscu nawiązują znajomość z trzema kolejnymi czarodziejkami: Florą, Musą i Tecną, a także ze Specjalistami - uczniami szkoły dla chłopców zwanej Czerwoną Fontanną.

Dziewczyny w konsekwencji muszą zmierzyć się również ze złem. Początkowo spokojnie życie utrudniają im Trix - trzy czarownice z Chmurnej Wieży. Pragnieniem wiedźm jest zdobycie najpotężniejszej mocy w magicznym wszechświecie - Smoczego Płomienia. Mylnie stwierdzają iż posiada ją Stella w Pierścieniu Solarii. Z biegiem czasu odkrywają, że strażniczką Smoczego Płomienia tak naprawdę jest Bloom i to ona staje się ich głównym celem.

Bloom w snach nawiedza pewna postać - nimfa jeziora Roccaluce, Daphne. Wychodzi na jaw mroczna przeszłość dziewczyny. Jest księżniczką, a Daphne jest jej siostrą. Obie pochodzą z niezamieszkanej już planety Domino, którą przed laty zniszczyły trzy prastare wiedźmy. Król, królowa i wszyscy poddani Domino zginęli, a Daphne uratowała siostrę ukrywając ją na Ziemi, gdzie wychowała ją dwójka obcych ludzi.

Trix podstępem zdobywają Płomień Smoka i w Magix rozpętują wielką wojnę. Bloom wyrusza do jeziora Roccaluce, gdzie szuka pomocy u Daphne. Ta pomaga jej obudzić drzemiącą w niej resztkę magii. Dzięki temu Bloom z pomocą Płomienia Smoka pomaga przyjaciołom ocalić Magix i zwyciężyć Trix.