Serial o przygodach W.I.T.C.H. posiada jedynie dwie serie nawiązujące do sagi "Dwanaście Portali" oraz "Nerissa Powraca", w sumie są to 52 odcinki. Bardzo różni się od wersji komiksowej, posiada wiele nowych wątków, a niektóre zmienia całkowicie. Nie należy wzorować się czy kierować wydarzeniami w serialowej wersji, ponieważ powstała ona dużo później i jest jedynie ciekawym dodatkiem. Serial animowany "W.I.T.C.H." powstał w 2004 roku i jest produkcji francusko-amerykańskiej. W polskiej telewizji początkowo mogliśmy oglądać go na Polsacie w każdą niedzielę o 8:00 rano. Pierwszy odcinek wyemitowano 1 maja 2005 roku. W późniejszym czasie serial zaczęto regularnie emitować również na Jetix (1 października 2005) oraz na TV Puls (11 listopada 2009), ale tutaj już tylko drugą serię.

Twierdza Kondrakar jest centrum nieskończoności, pomostem łączącym wszystkie światy. Na jej czele stoi Bractwo oraz Wyrocznia. Powołują oni strażniczki, które mają wypełnić misję walki ze złem. Pięć z pozoru zwyczajnych nastolatek: Will Vandom, Irma Lair, Taranee Cook, Cornelia Hale oraz Hay Lin, pewnego dnia odkrywa, że mają wielkie zdolności magiczne. Nastoletnie czarodziejki czerpią swe nadprzyrodzone siły z naturalnych mocy Ziemi. W amulecie zwanym Sercem Kondrakaru zostają im przekazane żywioły wody, ognia, ziemi, powietrza oraz czystej energii. Strażniczki muszą radzić sobie z potworami i złem, które na nie czyha, jednocześnie przeżywając codzienne problemy z chłopakami, szkołą oraz rodziną. Na samym początku swoich przygód, spotykają okrutnego księcia Fobosa, człowieka, który przejął władzę nad światem Meridian. Przejście między tymi światami umożliwiają Portale - zadaniem strażniczek jest je zamykać, by siły zła nie mogły przedostać się na naszą planetę. Początkowo czarodziejki potrafią jedynie zamykać Portale, później mogą je także same tworzyć. Mieszkańcy Meridianu nie są zachwyceni swym władcą, Fobosem - niektórzy tworzą swego rodzaju "ruch oporu". Przywódcą buntowników Meridianu jest Caleb, który przedostaje się na Ziemię w poszukiwaniu Strażniczek. Zakochuje się on z wzajemnością w jednej z nich - Cornelii. Planem Fobosa jest przejęcie władzy nad Meridianem, a w późniejszym czasie nad całym wszechświatem, jednakże nie posiada on dostatecznej na to potęgi. Dlatego za wszelką cenę stara się odnaleźć swoją siostrę - Elyon. To ona, jako prawowita następczymi tronu, posiada moc, której pożąda Fobos. Lecz Elyon znajduje się na Ziemi, gdzie została ukryta dla ochrony przed swym nikczemnym bratem. Z pomocą swego zmiennokształtnego sługi, Cedrica, który otwiera na ziemi księgarnię i zaprzyjaźnia się z Elyon, Fobos przekonuje siostrę, że to on jest dobry, a strażniczki złe. Ostatecznie Elyon wraca do Meridianu, gdzie ma zostać "koronowana" - w rzeczywistości Fobos ma przejąć w tym momencie jej moc. Strażniczki z pomocą Caleba i buntowników ruszają na ratunek Elyon. W drugim sezonie w Meridianie i na Ziemi dzieją się dziwne rzeczy. Powraca Nerissa - była strażniczka. Chce ona zemścić się na Zgromadzeniu Kondrakaru za uwięzienie jej przed 40 laty. Zamyka Elyon w Sercu Meridianu i porywa ją. Później uprowadza Matta i tworzy z niego swego złego sługę Shagona. Okazuje się, że Nerissa chce zwerbować dawne Strażniczki. Niestety, udaje jej się je porwać i zaczarować. Dwa pokolenia Strażniczek walczą ze sobą. Kto zwycięży w tym pojedynku?

Caleb występuje w każdym odcinku obu serii, mieszka w Heatherfield na codzień. Za to w komiksie pojawił się jedynie kilka razy przez parę numerów. Nie mieszkał na Ziemi, a Heatherfield odwiedził tylko jeden raz, gdy wyruszył na ratunek Cornelii podczas misji z Nerissą.

W drugim odcinku pierwszej serii pojawia się mały stworek Blunk, którego nigdy nie zobaczymy w komiksowej wersji. Jest to postać stworzona tylko na potrzeby urozmaicenia serialu.

W serialowej wersji Czarodziejki potrafią latać od pierwszej przemiany. W komksie natomiast tylko Hay Lin to potrafi ze względu na swoją moc - Powietrze. W.I.T.C.H. mogą się także zamieniać tylko wtedy, gdy Will jest przy nich. W komiksie mogą robić to w dowolnym momencie, nawet z dala od Powierniczki Serca Kondrakaru.

Nerissa w serialu okazuje się być matką Caleba. Jest to fakt całkowicie naciągnięty, gdyż w komiksie ta dwójka nie ma ze sobą nic wspólnego. Spotkali się raz, gdy Nerissa go porwała a Czarodziejki ruszyły mu na ratunek.

W fabule serialu Calebowi podarowali ojca Juliana (w komiksie on nie występuje!). Nie jest to jednak możliwe, gdyż w komiksie został stworzony przez Phobosa jako Szczepczący. Nie był człowiekiem, a na twarzy posiadał zielone paski, których w serialu mu brakuje.

Caleb zakochuje się w Cornelii dopiero pod koniec pierwszej serii, a w komiksie była to miłość od pierwszego wejrzenia. Cornelia, jak i Caleb od wielu nocy śnili o sobie, a później się spotkali i pokochali.

Meridiańczycy to nie tylko Galhoci, a zwykli ludzie. W komiksie w Meridianie tylko ród królewski posiadał wygląd zwykłych ludzi. Cała reszta była innej rasy i wyglądali jak Vathek. Występowali również Szczepczący.

Kadma ma pod opieką swoją własną krainę Zamballę, niestety w pierwowzorze żyje w Fadden Hill jako zwykła ziemianka bez mocy, ponieważ została wydalona z Bractwa Kondrakaru razem z Halinor (za sprzeciwienie się Wyroczni). Halinor w późniejszym czasie umiera i W.I.T.C.H. nigdy jej nie poznają, a w serialu żyje normalnie w Kondrakarze.

Matt dowiedział się o W.I.T.C.H. już w połowie pierwszej serii. Natomiast w komiksowej wersji dopiero przy okazji rozpoczącie się piątej misji!

W serialu Matt jest Shagonem i posiada magiczne zdolności. W komiksie nigdy nie miało to miejsca. Shagonem był przypadkowy mężczyzna, którego Nerissa zamieniła w pana nienawiści. Podobnie jest z popielicą - nigdy w komiksie nie była ona Khorem! Khorem był zwykły pies należący do wcześniej wymienionego mężczyzny.

Choć w wersji komiksowej Cornelia decyduje się związać z Peterem, nie z Calebem, w serialu jej wybór pada na tego drugiego. W związku z tym w serialu nie występuje wątek Caleba i Elyon.